食用菌生产中所涉及到的原料、用水、设备、空气等都着大量的真菌、细菌、放线菌、病毒等微生物和虫害，它们无时无刻在与食用菌争夺养料和侵害食用菌。
这些杂菌和病虫害给食用菌生产造成很大为害和损失。在食用菌制务虚和栽培中，消灭和抑制有害微生物的活动，对食用攻进行纯培养是很有必要的，故消毒灭菌是食用菌生产过程中很重要的一环。
1、紫外线消毒法，其杀菌机理是当其作用于生物体时，可导致细胞内核酸和酶发生光化学反应，而使细胞死亡。另外，紫外线还可使空气中的氧气产生臭氧，臭氧具有杀菌作用。但对真菌效果差，只起辅助消毒作用，还需配合药物使用。由于紫外线对人体有伤害作用，不要在开启紫外灯的情况下工作。
2、使用AORODO臭氧发生器，能高效、快速杀灭空气中和物体表面各种微生物，接种成功率可达97％以上；同时具有性能稳定、操作简单、耗电小的特点。不要在有人的情况下工作。
3、甲醛和高锰酸钾熏蒸法，使用方法是每立方米空间用8～10mL 40%甲醛和5～7g高锰酸钾，先将高锰酸钾倒入陶瓷或玻璃容器内，再加入甲醛；加入甲醛后人立即离开，密闭房间消毒时20～30分钟。
4、“NICOLER动态空气消毒机”，对车间内的空气进行消毒，保证食品安全。该消毒技术对车间消毒时，人可同时在车间内工作，对人体没有任何危害，同时使受控环境保持在“无菌无尘”标准。
此外需要注意的事项有：
1．菇房灭菌 在15平方米～30平方米的室内，搭成多层菇架，做好植菇前准备工作。然后在室内较高处（离天花板20厘米～30厘米处）安装1台紫外线灯，关好窗、门，开机1小时， 即达95％以上灭菌效果（开机15分钟已达预期目标，为使灭菌更为彻底， 可开机30分钟～60分钟。该机每小时耗电仅15瓦，停机后如不开门、窗， 可保持窗内空气清洁一周左右）
2．培养基处理 培养基按原配方要求配好，摊晾在室内搁层架上，一切准备好后，开机1小时（因臭氧比重是空气的1．65倍，将机器搁置较高处，所产生的臭氧即从高处向下沉降，使臭氧遍及各个角落）
3．培养将接种好的菌种移入菇房内，AORODO臭氧设备开机灭菌30分钟， 然后关机，每天观察食用菌生长情况。为确保菌种生长的良好环境，每次开门观察后，可开机15分钟，停机后密封，防止腐殖菌、杂菌滋生，促进食用菌健康生长。为方便操作，可将灭菌机的电源开关安装在菇房门外方便之处。入室操作后即闭门开机，定时关机。
